В сентябре 1945 г. после разгрома советскими войсками Японии, Семёнов был арестован в Манчжурии. По распространённой легенде, японский лётчик, пилотировавший самолёт, в котором находился Семёнов, ошибся и случайно посадил машину на аэродроме Чанчунь, уже занятом советскими войсками.

Однако младшая дочь атамана Елизавета Григорьевна Явцева (урождённая Семёнова) в 2001 году рассказала газете "Труд (2001, 25 апреля) настоящие подробности ареста отца. По её словам, Григорий Семёнов был захвачен 22 августа 1945 года специальным десантом советских спецслужб на своей вилле в китайском городе Дейрене

По ещё одной версии Семёнов при всех регалиях в парадной форме с шашкой встретил советские войска на железнодорожном вокзале, где и был арестован

Сыновей атамана, Вячеслава и Михаила, забрали вслед за отцом в том же 1945 году. Всех детей Семёнова приговорили к 25 годам заключения, кроме Михаила, инвалида с детства, расстрелянного в Уссурийске 18 марта 1947 года.

За столом сидели долго, пили чай, беседовали. Когда всё закончилось, кто-то из военных спросил: «Ну а каких же убеждений вы, господа, придерживаетесь сейчас?» Не ручаюсь за дословность, но отец и Жуковский единодушно ответили примерно следующее: «Всё тех же, что и в Гражданскую войну, — за которые у вас расстреливают. Мы — русские офицеры, мы давали присягу вере, Царю и Отечеству и ей, этой присяге, остались верны — революцию не приняли и боролись с большевизмом до последней возможности…»